自从日本开发出只能由女性操控的“无限层云”之后，世界发生了翻天覆地的变化，女性的地位被提升到了优先级别。Infinite Stratos培养IS运营者的学校“IS College”每年都会接收来自世界各地的优秀年轻女孩。然而，尽管主人公织斑一夏是一个男孩，他不知道为什么他可以开始是，所以他被迫参加是大学。从此，织斑一夏成了女校中的小绿。从他小时候的剑道少女，不同国籍、不同性格的少女们围绕织斑一夏展开了一场波澜壮阔的爱情战斗剧场。敌人的突然袭击，IS隐藏的秘密，织斑一夏和姑娘们的爱情故事会如何发展？