东京湾水隧道轰然巨响并被淹没，突然坍塌，原因不明。首相官邸召开了内阁紧急会议，大多数人认为“原因是地震和海底火山”。观看了在线见证视频的内阁官房副长官长谷川博己指出，海洋中可能生活着巨大的生物，首相助理赤坂秀树（竹内裕之饰）和他周围的人对所有意见都一笑置之。后来，当巨大的不明生物出现在海上，惊慌失措的政府官员收集信息并跟踪它们时，巨大的生物在镰仓登陆并摧毁了沿路的建筑物。日本政府发布了国防派遣令，以应对设置紧急对策，而美国国务院派出了总统特使Kazuko Ann Patterson（石原里美饰）关注他们，并面临前所未有的威胁。不仅日本，全世界都在关注他们的动向。自卫队和名为哥斯拉的巨型生物在川崎市展开了一场决定性的战斗。人类能抵抗这种远远超出已知的“完整生物”吗...